De toren, aan de westkant op de as van de kerk gebouwd, is bijna 40 meter hoog en telt 156 treden. Oorspronkelijk stond op de toren een hoge spits die helaas verloren is gegaan bij brand op 18 augustus 1693 na blikseminslag. De torenspits was met koper beslagen waaronder het vuur bleef smeulen en moeilijk te blussen was. Daarom werd de spits er in noordelijke richting afgetrokken. Het is er nooit van gekomen om een nieuwe spits op de toren te krijgen hoewel er verschillende pogingen in het werk zijn gesteld en ook daadwerkelijk gelden zijn opgehaald. Die waren niet toereikend genoeg en daarom is de toren met een plat dak toegedekt.

De toren van de St. Nicolaaskerk met spits, en ook op de al prent van Elburg rond 1650

Vanaf 1798,  in de Franse tijd, werd door een Staatsregeling bepaald dat de torens behorende bij kerkgebouwen (en de klokken) eigendom zijn van de burgerlijke regering. Hoewel dat door het kerkbestuur van die tijd is aangevochten heeft het huidige College van Kerkvoogden er geen bezwaar tegen dat de regelmatige opknapbeurten van de toren voor rekening komen van de burgerlijke overheid. De “puist” die nu op de toren staat is geplaatst na de Tweede Wereldoorlog. Dit trapportaal is door de al eerder genoemd architect Royaards in de jaren ’60 geplaatst om het platte dak beter bereikbaar te maken (en als aanzet voor de verloren gegane torenspits?).  Niet iedereen vond het een verfraaiing. De minister van Cultuur, Recreatie en Maatschappelijk werk schreef op 4 maart 1968 aan het college van B. en W. van Elburg: “De architect, een even deskundig als eigenzinnig man, heeft hier een zeer ongelukkige greep gedaan.” In de notulen van de gemeenteraadsvergaderingen in die tijd staat opgetekend dat raadslid Hulleman zelfs dreigde een kanon aan te schaffen om daarmee “de puist” van de toren te schieten.

In de toren hangen vier kerkklokken, gegoten in de jaren 1683-1694-1770 en 1774. De grootste is elektrisch en slaat ieder half uur. Deze wordt ook geluid bij de zondagse erediensten en bij begrafenissen. De vier klokken worden zaterdagsmiddags om 18.00 uur handmatig geluid door het klokkenluidersgilde “Claude Fremie”. Ook bij speciale gelegenheden, bijvoorbeeld met Kerst of op verzoek zoals bij een huwelijk, kan worden geluid. Het carillon, met 47 klokken, speelt vier maal per uur, automatisch computergestuurd, en wordt bespeeld tijdens de weekmarkt op dinsdag door de stadsbeiaardier.