De hoge sierlijke gewelven (22 tot 24 meter hoog) rusten op twaalf zware pilaren, gebaseerd op de twaalf stammen van Israël. De ruimte boven de gewelven is tien tot vijftien meter hoog. De kruisvormige kerk bestaat uit een lang, hoog middenschip met aan weerszijden wat lagere zijbeuken. Officieel noemen we dit een “driebeukige pseudobasiliek” (met gemetselde kruisribgewelven).  Als de zijbeuken ongeveer even hoog en breed zijn als het middenschip spreekt men van een hallenkerk. Eenvoudige kerken zonder dwars- en zijbeuken worden zaalkerken genoemd. Bij lagere zijbeuken wordt dat afhankelijk van de situatie pseudo-basilicaal genoemd. De St. Nicolaaskerk van Elburg is dus een pseudo-basiliek met een plattegrond in kruisvorm, naar het voorbeeld van de Romeinse basilieken.

Het schip kreeg zijn naam omdat het op een omgekeerd schip lijkt. Het schip is het deel van de kerk waar de kerkgangers plaatsnemen. Het schip, of de beuk, is in de kerkenbouw de langgerekte ruimte in (meestal) west-oost-richting, die aan de oostkant wordt voortgezet door het koor. Tussen de kruising, die zowel tot het schip als tot de dwarsbeuken behoort, en het koor, is ter afsluiting een doksaal of een koorhek  waarachter zich het altaar bevond. Links en rechts van 7A hieronder de beide transepten.