Het kerkgebouw in de stad is al oud. In 1358 is er voor het eerst sprake van een Elburger kerk. De pastoor van Doornspijk diende ook de Elburger kerkgemeenschap en de gelovigen in Elburg moesten jaarlijks een heffing betalen aan de kerkmeesters van de St. Ludgeruskerk van Doornspijk.

De oude (links) en nieuwe stad met de oost-west lopende Oude Straat (nu Ellestraat) in de vesting van Arent thoe Boecop van 1392; de kromming van de Ellestraat is rechts goed te zien. De oude kerk van het linker kaartje is buiten de stad komen te staan.

Na de verplaatsing van de stad op bevel van Willem van Gullik tussen 1392 en 1396 kwam de vroegere kerk van Elburg buiten de nieuwe ommuurde stad te liggen. Er was in de nieuwe stad een behoefte om te kunnen kerken en in 1397 gaf bisschop Frederik van Blankenheim van het bisdom Utrecht toestemming een nieuwe parochiekerk binnen de muren te bouwen. Een probleem was dat er nauwelijks meer plaats was binnen de pas gemetselde muren. Alleen in de zuidoosthoek van de stad was nog net voldoende ruimte. Bisschop Frederik verleende veertig dagen aflaat (korter verblijf in het vagevuur) aan allen die bij de bouw behulpzaam waren, op voorwaarde dat men zijn zonden beleed in de kerk en rouw betoonde, of door giften de bouw mede mogelijk maakte. Daarbij had de kerk in de middeleeuwen vele bronnen van inkomsten: giften bij de mis, bij het dopen van kinderen, het afnemen van de biecht, het toelaten tot de communie, het toedienen van het laatste oliesel aan stervenden, het voltrekken van huwelijken, de eerste kerkgang van kraamvrouwen, het doen van zielenmissen en memoriën van overledenen (herdenking van de sterfdag), kortom giften bij alle gelegenheden waarin de leek de hulp van de kerk nodig had, van de wieg tot het graf. Vooral de rechten voor het begraven in de kerk moesten tegen veel geld verkregen worden. Veel van dat geld werd tot versiering van de kerk aangewend. Men wijdde de nieuwe kerk aan de Heilige Nicolaas van Myra, de beschermheilige van de zeelieden. De oorspronkelijke Elburgse moederkerk, de St. Ludgeruskerk van Doornspijk, viel onder de abdij van Werden (aan de Roer). Daar was men bijzonder gesteld op St. Nicolaas en kan dus ook de naamgeving hebben bepaald. 

De nieuwe kerk bleek geen degelijk gebouw te zijn want al in 1448 schreef de toenmalige bisschop Rudolf van Diepholt dat hij “uit getuigenis van vertrouwenswaardige lieden vernomen had, dat de kerk van Elburg reeds bij het verlopen van enige tijd beschadigd was en een zodanige bouwval is, dat zij dringend noodzakelijk  hersteld moest worden”. Over de aard en de volgorde van de werkzaamheden bestaan nogal wat meningsverschillen. Wel is zeker, dat de beide transepten (de noord- en de zuidarm) en de sacristie later zijn aangebouwd. Zo ontstond in 1467 de kruiskerkvorm naar het voorbeeld van de Romeinse basilieken. De financiering van de kerk zal ongetwijfeld door de vele schenkingen bij leven of bij testament in de vorm van landerijen, huizen, geld enzovoort tot stand zijn gekomen.

Door aflaten te verlenen komt men aan bouwlieden. Ook verleende bisschop Frederik van Blankenstein 40 veertig dagen aflaat (korter verblijf in het vagevuur) aan een ieder die een bijdrage leverde aan de bouw en inrichting van de kerk. Daar werd kennelijk wel gebruik van gemaakt. Altaren werden geplaatst, kaarsenkronen voor de verlichting geschonken, schilderingen tegen plafond en pijlers aangebracht, de klok werd opgehangen, enzovoort.

Aan het eind van de Middeleeuwen had Elburg een bloeiend kerkelijk leven. Het had een prachtige kerk, enige kapellen, een pastoor en verscheidene vicarissen. In de St. Nicolaaskerk waren elke dag verschillende diensten. Op de belangrijkste feestdagen werden de diensten zeer druk bezocht. Het politieke en maatschappelijke leven werd grotendeels door de godsdienst bepaald.