Het is een gangbare opvatting dat direct na de reformatie in de 16^e eeuw de Nederlandse kerkinterieurs werden ontdaan van de aanwezige “beelden”. De kerkhervormers zouden bijvoorbeeld schilderingen meteen weggewerkt hebben onder een dikke laag witkalk. Alhoewel het gesproken woord in de protes-tantse kerk een belangrijke rol ging spelen, bleven de plafondschilderingen van vóór de reformatie vaak gewoon zichtbaar. Pas veel later werd het mode de gewelven met de witkwast te bewerken. Tijdens de middeleeuwen, voordat de boekdrukkunst was uitgevonden en de meeste mensen niet of nauwelijks konden lezen, namen “beelden”; in hout gesneden, in steen gehakte beeldhouwwerken en gewelf- en muurschilderingen, in de christelijke kerk een belangrijke plaats in. Deze “beelden” waren niet alleen bedoeld om aanbeden te worden maar in de eerste plaats bestemd om de parochianen bekend te maken met de geschiedenissen uit de bijbel en met personen en gebeurtenissen uit de kerkhistorie. Het was “beeldtaal”, als het ware een middeleeuws kijkboek. De schilderingen en beeldhouwwerken werden dan ook wel “boeken der leken” genoemd. Het schilderwerk is de eeuwen door bewaard gebleven en was rond 1800 nog goed zichtbaar. Waarschijnlijk is toen besloten, volgens de toen aangenomen gewoonte, om de schilderingen met een kalklaag te bedekken. In de Franse tijd (1795-1813) werden grafstenen en monumenten  geschonden, rouwborden en herenbanken werden uit de kerken verwijderd. Op 9 maart 1798 kreeg het stadsbestuur opdracht dat “binnen den kortst mogelijke tijd uit alle kerken en andere publieke gebouwen weggenomen moeten worden de wapenborden, eerge-stoeltens en andere tekens van onderscheiding wat strijdig is tegen de heilige wetten der gelijkheid”. Tijdens schoonmaakbeurten in 1850 en 1925, kwamen na het overwitten van de hele kerk met een natte kalklaag, de muurschilderingen weer schemerig tevoorschijn. Uit vrees voor beschadiging en vanwege de hoge kosten voor het steigerwerk worden ze pas tijdens de laatste restauratie in de jaren 1970-1975 voor het merendeel in de oorspronkelijke kleur hersteld. Dit kon toen in combinatie met bouwkundige werkzaamheden waarvoor steigers in de kerk stonden opgesteld. Muurschilderingen, zoals in de St. Nicolaaskerk, zijn op de droge kalklaag aangebracht (“secco’s”)en dus  geen fresco’s die op natte kalk worden aangebracht. Tegen de gewelven van het kruis (7A) zijn tussen de ribben de vier evangelisten uitgebeeld. Op een geschilderd tekstlint (een banderol), ontrold in een boog, is hun naam in gotische letters geschreven, achter het Latijnse woord “Sanctus” (heilig). Deze vier wezens symboliseren de werking van Gods Zoon. Mattheus is afgebeeld als een engel, Marcus als de (geveugelde) leeuw, Lucas als os en Johannes als adelaar. Mattheüs begint zijn verhaal met de stamboom van Jezus, waarmee hij de aandacht wil vestigen op Gods menswording in Christus. Marcus begint met de verkondiging van Johannes de Doper in de woestijn bij de wilde dieren, vandaar de leeuw, die staat voor het sterke en vorstelijke. Lucas begint met de aankondiging van de geboorte van Johannes de Doper. Zacharias, zijn vader, was aan de beurt om in de tempel een wierookoffer op te dragen. Naast wierookoffers offerden de priesters ook stieren, vandaar het rund. Het rund wijst op het priesterdom en het offer van Christus.

Johannes begint met het mysterie van de menswording. Het Woord van God daalt vanuit de hemel op aarde neer; de adelaar, die met zijn scherpe blik op grote hoogte zijn prooien op aarde kan waarnemen, symboliseert die nederdalende beweging. De adelaar in de vlucht staat dan voor de genade van op de kerk neerdalende Geest. Men noemt deze vier wezens of gestalten samen ook wel een tretramorf (een symbolische afbeelding van vier verschillende elementen in een geheel). Zie Ezechiël 1 en Openbaringen 4. Deze figuren verwijzen dus naar Gods majesteit en naar de vier evangelisten. Bij het Hemelvaart-drama konden de Elburgse gelovigen dit visioen van Johannes met eigen ogen aanschouwen: Christus te midden van de vier gevleugelde wezens.

In het midden van dit kruisgewelf zit het zogenaamde “hemelgat”, dat in vroeger tijden onderdeel was van het liturgisch drama bij de vieringen van Hemelvaart en Pinksteren. Het liturgisch drama is ontstaan in de Middeleeuwen en ontstond uit de gezongen mis. Het werd toegevoegd aan de eredienst om aan de kerkgangers, de leken, die het Latijn niet beheersten, uit te leggen wat de belangrijkste Bijbelse gebeurtenissen waren. Op Goede Vrijdag werd het kruisbeeld van het altaar verwijderd en onder een doek “begraven”. Op de avond van Paaszaterdag werd het, als teken van de verrijzenis van Christus, weer plechtig teruggeplaatst. Op de Paasmorgen werd daar een heel zangspel over opgevoerd.

Op Hemelvaartsdag was het gebruikelijk met het beeld van Christus in processievorm door het schip van de kerk te schrijden onder het geklank van passende liederen. De stoet eindigde onder het gat in het gewelf, waaruit trompetgeschal en gezang klonk. Het beeld van Christus werd daarna voorzichtig met een tredrad of een windas opgetrokken en verdween door het hemelgat naar boven. Bekend is dat het optakelen van een Mariabeeld op Maria-ten-Hemelopneming (op 15 augustus) niet alleen in sommige Nederlandse kerken gebeurde maar ook in Frankrijk, Spanje, Italië en Duitsland. 

In de rechter transept (7C) zien we een aantal muurschilderingen die bij kleinere restauraties zijn onthuld. Op een daarvan zijn twee onderdelen uit het lijdensverhaal van Jezus te zien. In de nis, Jezus aan het kruis, met twee personen naast Hem; Zijn moeder Maria, en de discipel Johannes (“vrouw, zie uw zoon, zoon zie uw moeder”). Boven het kruis staat  het woord “Inri”.

Op de zuidwand van dit transept is vermoedelijk ook het laatste oordeel te zien. We zien hier Jezus met onder en naast Hem een aantal personen en boven Hem twee engelen met een bazuin. De knielende figuren aan weerszijden zijn ook hier waarschijnlijk Maria, de moeder van Jezus, met Johannes de Doper aan de rechterkant.