Overledenen konden zowel in de kerk als op het kerkhof begraven worden. Waarschijnlijk zijn er 370 mensen ooit in de kerk begraven en 780 op het kerkhof er omheen.

Lange tijd werd men rond, maar vooral in de kerk begraven. Als het kon, zo dicht mogelijk bij het altaar waarvan de heiligheid af zou stralen op de overledenen. Rond het altaar lagen vanzelfsprekend ook de duurste plaatsen. Hoe verder van het altaar verwijderd, hoe lager de tarieven werden. Zelfmoordenaars en ongedoopte kinderen werden helemaal op afstand gehouden, zij mochten niet in gewijde grond liggen. Door de bevolkingsgroei werd al in de zeventiende eeuw het ruimtegebrek nijpend. Begraven werd er tot dan toe in en rond de kerk, midden in de stad of het dorp. Het begraven in de kerk gebeurde niet altijd even zorgvuldig. Geruimd werd er niet, dus de kerken raakten overvol. Door het herhaald oplichten van de stenen, verzakte de vloer en sloten niet alle grafstenen even goed aan. Het gevolg was dat, afhankelijk van het weer, in de kerken soms een doordringende stank hing, waar we de uitdrukking een “rijke stinkerd” aan hebben overgehouden. Toen er tegen het einde van de achttiende eeuw meer inzicht kwam in het belang van hygiëne en het veronderstelde gevaar van besmetting, gingen onder verlichte geesten steeds meer stemmen op het begraven in de kerk te verbieden en de begraafplaatsen naar een plaats buiten de stad te verplaatsen.

In Frankrijk was men op dit gebied al wat verder. Napoleon verbood de kerkbegrafenissen in 1804. Na de inval van de Fransen werd ook in Nederland het begraven in de kerk officieel verboden. Maar het oude gebruik bleek zo sterk geworteld in de Nederlandse uitvaartcultuur, dat het besluit na het vertrek van de Fransen in 1813 direct weer ongedaan gemaakt werd. Pas op 22 augustus 1827 vaardige koning Willem I (per Koninklijk Besluit) opnieuw een verbod uit. Nieuwe begraafplaatsen moesten voortaan buiten de bebouwde kom worden aangelegd, maar er werden nog lange tijd ontheffingen verleend. Tot na het midden van de negentiende eeuw werd er in Amsterdam nog in kerken begraven. Het zou nog 42 jaar duren voordat het geheel bij de wet werd geregeld. Op 10 april 1869 tekende Koning Willem lll de nieuwe Wet op de Lijkbezorging. Op 9 mei 1869 trad de wet in werking. Het begraven in kerken was nu officieel verboden. Een uitzondering werd echter gemaakt voor de Koninklijke familie. Door de groei van de steden werden veel begraafplaatsen overigens al snel weer door de bebouwing ingehaald en omsloten.