De ideeën van de in 1483 geboren Maarten Luther drongen na de kerkhervorming van 1517 ook in de Nederlanden door. Doordat Elburg als Hanzestad veel contacten had met Duitse steden was de leer van Luther op de Noordwest-Veluwe al snel bekend. De toenmalige hertog van Gelre, Karel van Egmond, was er fel op tegen.  Hij liet in 1529 een plakkaat uitgaan waarin hij beval dat “iedereen, jong of oud, ingezetene of vreemdeling, die met de nieuwe ketterij besmet was of iets zei dat in strijd was met de leer van de katholieke kerk, ter dood gebracht moest worden”. In 1543 werd René van Châlon als stadhouder ingehuldigd en vond, tegen zijn zin, veel ketterse zaken in Elburg. Een jaar later erfde Willem van Oranje, als elfjarige, het prinsdom Oranje van hem toen de kinderloze René stierf op het slagveld. Eigenlijk was de vader van Willem de erfgenaam maar die was als Lutheraan voor keizer Karel V onaan-vaardbaar/

 Noch de plakkaten van keizer Karel V, noch het optreden van zijn zoon Filips II na 1555, bleek de opmars van “de nije leer” te kunnen tegenhouden. Het bloed der martelaren bleek het zaad van de kerk te zijn. Elburg trok zich ook weinig van de plakkaten aan wat bleek uit het feit dat ketters die uit andere steden waren verbannen hier onderdak kregen.

In het jaar van de Beeldenstorm, 1566, waren het Elburg en Harderwijk die het voortouw namen toen het ging om de godsdienstvrijheid. Ds. Boeymer uit Harderwijk hield de eerste “hervormde preek”. De Beeldenstorm begon op 10 augustus in het klooster van Steenvoorde (zie kaart) en trok als een strovuur door de Nederlanden. Het waren in Elburg vooral de burgemeesters Bartolt Veghe en Lambert Franckensz. die warm liepen voor de nieuwe leer. Franckensz. kwam na een vergadering van de Staten in Nijmegen en na het aanhoren van de calvinistische preker Hermannus, vol vuur in Elburg terug. Hij  hield  een vlammende betoog dat velen van de gemeenteraad raakte. Pastoor Dirk Dorre kreeg te horen dat hij ontslag zou krijgen als hij nog langer de “Paapse mis” zou lezen. Op de gedenkwaardige 21^e  september 1566 waren het secretaris Johan Feyt en herbergier Jacob Arentsz., bijgenaamd de “halfpaep” (vermoedelijk was hij een ex-priesterstudent, die dikwijls zijn zieke geestverwanten ging bezoeken om hun een vertroostend woord toe te spreken), die Jan Arentsz. uit Alkmaar, bekend als “de Mandenmaker”, begeleidden naar de St. Nicolaaskerk waar hij mocht preken. Tegenstanders waren er ook in de stad en daarom waren de beide gastheren voorzien van wapens. Jan Arentsz. riep niet alleen op tot bekering maar ook tot het wegvagen van alle uiterlijkheden van de Roomse kerk. Na de dienst werd veel in de kerk vernield zoals de beelden en het altaar. Er was volgens een ooggetuige in de kerk niet meer blijven staan dan het doopvont, de preekstoel en de vrouwenbanken.

Om in Elburg het verzet in de kiem te smoren en de orde te handhaven werden vijftig soldaten ingekwartierd. De mis werd weer gelezen door, jawel, pastoor Dirk Dorre. De gevolgen van een  onderzoek op bevel van Alva waren voor veel Elburgers ernstig. Alva, die op 6 augustus 1568 Elburg te paard binnen reed vanuit Kampen, waar de raad zich geijverd had ”om de beeldenstorm te beletten”, gebood nogmaals een bezetting als strafmaatregel. Alle wapens moesten worden ingeleverd en ingezetenen van Oldebroek en Doornspijk moesten “elke avond met vijf man, in Elburg zijn, om aldaar binnen te komen waken”. Maar liefst 25 mannen werden voor de Raad van Beroerten gedaagd, waaronder de burgemeesters Lambert Franckensz. en Frans Henricz. Hun bezittingen werden in beslag genomen. Een twaalftal beeldenstormers nam de vlucht naar Frankrijk. Uit een vergelijking met andere plaatsen op de Veluwe blijkt trouwens, dat Elburg een opvallend hoog aantal “ketters” kende. Vanuit Kampen hoefden er slechts vier voor de Raad van Beroerten te verschijnen en vanuit Putten zelfs maar twee. Zeker nadat de watergeuzen op 1 april 1572 Den Briel hadden ingenomen sloten veel steden zich weer aan bij de opstand die door Alva zo hard was neergeslagen. Ook Elburg kreeg een brief van Oranje met het verzoek de Spaanse zijde te verlaten maar zonder succes. Toen echter Willem van den Bergh, de zwager van de prins, Gelderland binnenviel en tot ver in de Veluwe doordrong, bood Elburg hem op 5 juli 1572 de sleutels van de stad aan. Na het bloedbad dat de Spanjaarden in Zutphen aanrichtten, schaarden echter veel opstandige steden in Gelderland, waaronder Elburg, zich weer achter koning Filips II. Elburg koos later opnieuw de zijde van de prins en werd, vanaf 1575 door Diederik Sonoy, de vlootvoogd van Oranje, in bescherming genomen. Onder zijn leiding zijn ook de vestingwerken van Elburg verbeterd. Eind 1576 weet Oranje de gewesten weer min of meer op één lijn te krijgen in de Pacificatie van Gent.